黑米需要提前用冷水浸泡，这是煮软的关键。黑米属于糙米类别，外层有一层致密的种皮和糊粉层，这层结构富含花青素和膳食纤维，但也非常坚韧，不容易吸水。黑米直接下锅煮，水分很难渗透到米粒中心，结果就是外层已经煮烂了、内部还是硬芯。正确的做法是煮前用冷水浸泡，水温不要超过30℃，夏天用常温水，冬天可以用凉白开。浸泡时间至少四小时，过夜更好。泡到黑米用手掐一下能感觉到米粒变软，掰开断面没有白心，就说明吸足了水分。泡米水会变成深紫色或紫黑色，这是花青素溶出的正常现象，不需要倒掉，可以连同泡米水一起煮饭或煮粥。
红米也需要提前浸泡，但时间比黑米稍短一些。红米与黑米的结构相似，种皮也含有色素和纤维，但红米的种皮比黑米稍薄一些，吸水速度略快。煮前同样需要用冷水浸泡，浸泡两到三小时即可，不需要像黑米那样泡过夜。如果时间充裕，泡四小时效果更好。判断标准是用指甲掐米粒，能感到明显变软但没有完全软透的程度。红米泡出来的水呈浅红色或粉红色，也是花青素溶出的表现，可以直接使用。如果忘记提前浸泡，也可以将红米放入锅中，加水煮开后关火，盖上盖子焖30分钟，然后再正常煮饭，效果类似浸泡但口感略逊。
紫米的浸泡时间和方法和黑米相近。紫米和黑米在外观上比较接近，容易混淆。区别在于黑米的种皮是黑色的，米心是白色的；紫米的种皮是紫黑色，米心也是紫色的，剥开后的颜色均匀。紫米的种皮和黑米一样坚韧，需要充分浸泡才能煮透。煮前用冷水浸泡四小时以上，过夜更佳。紫米泡出来的水呈深紫色，比黑米水颜色更深。需要注意的是，市售的“紫米”有时指的是紫糯米，属于糯米的一种，它的种皮比黑米薄一些，浸泡时间可以缩短到两到三小时。如果不确定买的紫米是糙米还是糯米，可以观察米粒的黏性：煮出来的饭黏性大的是紫糯米，颗粒分明的是紫糙米。
三种米煮饭和煮粥的水量比例。黑米、红米、紫米煮干饭时，米和水的比例要比精白米高一些。精白米通常是1比1.2到1比1.5，彩色糙米需要1比1.8到1比2.2。如果泡米后把泡米水也倒进锅里煮，泡米水要算在总水量内。使用电饭煲煮时，建议选择“糙米模式”或“杂粮模式”，这类程序会有更长的浸泡加热时间和焖饭时间。如果没有专门模式，可以在普通煮饭程序结束后，不要立即开盖，继续焖15到20分钟。煮粥时，彩色糙米和水的比例约为1比8到1比10，如果用高压锅煮，时间可以缩短一半。
混合煮饭时的搭配建议。纯的黑米、红米、紫米口感偏硬，初次尝试的人可能不太习惯。建议先以精白米为主，加入少量彩色糙米混合煮饭。常见的搭配比例是精白米三分之二，彩色米三分之一。混合煮饭时，彩色米需要提前浸泡，精白米不需要泡，两者分开处理后再一起下锅。黑米、红米、紫米之间的颜色和风味差异不大，可以轮流食用。长期存放的彩色糙米更容易变硬，浸泡时间可以适当延长。如果发现米粒表面有虫蛀或霉变的痕迹，或者闻起来有陈味，不建议继续食用。