千层肚是天然形态的毛肚。千层肚取自牛胃壁的内层皱褶，表面呈现一层层细密的突起结构，因此得名。新鲜千层肚的颜色呈灰白或浅黄色，表面有自然的油润感，质地柔韧且富有弹性。由于未经化学处理，千层肚保留了原有的肌理和纤维结构，煮熟后口感脆嫩、嚼劲适中，咀嚼时能感受到毛肚本身的自然鲜味。千层肚在市场上通常以新鲜或冷冻状态出售，价格相对较高。
水发毛肚是经过碱水泡发处理的产品。加工过程中，天然毛肚被放入食用碱或酶解剂溶液中浸泡，使其组织结构发生改变，体积膨胀、质地变脆。水发后的毛肚颜色更白、表面更光滑，体积比处理前明显增大，重量也相应增加。由于碱处理分解了部分胶原蛋白和弹性纤维，水发毛肚煮熟后口感更脆、更易咬断，但天然毛肚特有的韧性和层次感有所减弱。部分水发毛肚在加工后会带有轻微的碱味，需要用清水充分漂洗去除。
两种毛肚在口感偏好上各有受众。喜欢毛肚原本质地、追求咀嚼感的人群，通常会选择千层肚，其入口后先感受到表层的细微颗粒感，咬下时带有适度的韧劲，越嚼越能释放出牛胃特有的鲜香。水发毛肚则入口即显脆爽，牙齿接触时阻力较小，咀嚼几下即可吞咽，尤其受到牙口较弱的中老年人和儿童欢迎，也更适合口味偏重的麻辣锅底。如果喜欢软糯口感，可以优先考虑水发毛肚；如果喜欢筋道有嚼劲，则千层肚更合适。
处理流程的差异是两者的另一主要区别。千层肚的处理相对简单：如果是冷冻千层肚，提前取出放入冷藏室解冻，解冻后用流动的清水冲洗两遍，去除表面血水和杂质即可下锅。新鲜千层肚清洗后切成方便入口的条状或片状。水发毛肚需要先漂洗去碱：将毛肚放入盆中，用足量清水浸泡15至20分钟，期间换水两到三次，然后用手轻轻揉搓表面，再用流水冲洗干净。如果残留碱味，可在一次漂洗时加入少许白醋，中和碱性后再用清水冲净。
选购时可根据包装信息和感官特征进行判断。预包装产品应查看配料表，千层肚的配料通常只有“牛百叶”或“牛胃”，水发毛肚的配料中会包含“水”“食用碱”“碳酸钠”等字样。散装购买时，千层肚表面粗糙、颜色自然偏暗，用手捏时质地紧密、回弹较慢；水发毛肚表面光滑发亮、颜色过白，捏起来质地脆硬、容易断裂。无论是哪种毛肚，如果闻起来有刺鼻的化学气味或发酸的异味，都不建议购买。