干茶树菇需要先剪掉根部再清洗。干茶树菇的根部附着着培养基底座的残留物，这部分质地硬、带有土腥味，炖汤前需要剪掉。用手指捏住茶树菇的根部，从菌柄末端往上约一到两厘米的位置剪断，只保留菌柄和菌伞部分。剪好的茶树菇放入盆中，加入足量冷水，水量要完全淹没菇体。用筷子朝一个方向轻轻搅动，让水流冲刷掉菇体表面的浮尘和杂质。搅动十几秒后，将茶树菇捞出，换一盆清水，重复搅动一次。整个过程不需要搓揉，也不要用热水。洗净后的茶树菇不需要挤干水分，直接放入汤锅中即可。如果茶树菇表面有明显的泥沙，可以在水中加入一小勺面粉，面粉的吸附作用可以帮助去除细小的泥沙颗粒，浸泡五分钟后用清水冲净。
干香菇的清洗分两种情况：带菇柄的和去菇柄的。带菇柄的干香菇，菇柄末端通常还保留着一小截木质化的根部，这部分质地坚硬、味道发苦，炖汤前需要用剪刀剪掉。去菇柄的干香菇则不需要剪。清洗时将干香菇放入碗中，加入40℃左右的温水，水温以手摸微热但不烫为宜，水量刚好没过香菇。用筷子轻轻搅动几圈，让水流带走表面的灰尘。浸泡时间不宜超过两分钟，因为香菇中的鸟苷酸和多种氨基酸很容易溶于水，泡太久鲜味会流失。浸泡后捞出香菇，泡香菇的水不要倒掉，静置片刻让泥沙沉淀后，取上层清液加入汤中，可以增加汤的鲜味。如果香菇伞盖的褶皱里夹带着明显的泥沙，可以用流动的冷水对着伞盖轻轻冲洗，水流不要太大，以免冲走菌褶的香气。
茶树菇和香菇都不建议用热水或开水浸泡。很多人觉得热水泡发快，就把干菇直接丢进开水里。热水会使菇体表面的蛋白质迅速凝固，把泥沙和杂质封在里面，反而洗不干净。同时，高温会破坏香菇中的鸟苷酸和茶树菇中的多种风味物质，泡出来的水颜色发暗，鲜味也大打折扣。正确的做法是使用冷水或不超过40℃的温水，让菇体慢慢吸水回软，泥沙也能在水中自然沉降。如果时间紧张，可以用40℃的温水浸泡，茶树菇泡15到20分钟，香菇泡10到15分钟即可变软。
干菇表面的白色粉末不是脏东西，不需要洗掉。优质干香菇的菌伞表面常常有一层淡淡的白色粉末，这是香菇在干燥过程中析出的鸟苷酸结晶，是鲜味的来源之一。很多人误以为是发霉或灰尘，用力搓洗或用水反复冲，结果把鲜味洗掉了。区分霉斑和鸟苷酸的方法很简单：鸟苷酸粉末是均匀分布在菌伞表面的，用手轻轻一擦就会消失；霉斑通常呈灰绿色或黑色，呈斑点状分布，擦拭后会有潮湿粘腻感，且伴有霉味。如果确认是霉斑，说明香菇已经变质，不建议食用。干茶树菇表面一般没有白色粉末，如果出现明显的白色或绿色霉点，也应当丢弃。
清洗后的干菇要不要泡发取决于烹饪方式。如果是用来炖汤，清洗后可以直接下锅，不需要提前泡发。汤在炖煮的过程中，干菇会慢慢吸水变软，同时释放风味，这样汤的鲜味更足。如果是用来炒菜或做馅料，需要提前用温水泡发20到30分钟，让菇体完全回软，挤干水分后再切碎使用。泡发后的干菇口感更接近鲜菇，入锅后不会因为吸水而抢夺菜里的汤汁。